Projektassistent inom bioinformatik och mikrobiomforskning

Beskrivning av arbetsplatsen

Forskningen bedrivs vid Lunds universitet inom en tvärvetenskaplig forskargrupp med expertis inom strukturbiologi, genmodifiering, bioinformatik, mikrobiologi och sekvenseringstekniker. Gruppen samarbetar med forskare inom miljömikrobiologi och medicinsk forskning för att utveckla innovativa metoder för mikrobiomanalys. Vi är en öppen, självständig och tolerant forskningsgrupp som värdesätter mångfald och interdisciplinärt samarbete. Tjänsten kan komma att innebära resor till Köpenhamn vid behov.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.

• En dynamisk forskningsmiljö med tillgång till avancerad sekvenseringsteknik.
• Möjlighet att arbeta i ett internationellt team med expertis inom bioinformatik och mikrobiologi.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

• Utföra DNA-sekvenseringsanalyser med Oxford Nanopore-teknologi.
• Bygga och optimera pipelines för bioinformatisk analys av metagenomiska data.
• Utföra taxonomisk klassificering och identifiera eCIS-kluster i mikrobiella samhällen.
• Analysera antibiotikaresistensgener och deras spridningsmönster.
• Publicera forskningsresultat i vetenskapliga tidskrifter och presentera vid internationella konferenser.
• Samarbeta med forskarteamet för att utveckla innovativa metoder för mikrobiomanalys.

Kvalifikationer 

Tjänsten innebär arbete inom ett forskningsprojekt som syftar till att identifiera och analysera Extracellular Contractile Injection Systems (eCIS) i avloppsvatten och human mikrobiom. Forskningsgruppen arbetar i en tvärvetenskaplig miljö med expertis inom bioinformatik, mikrobiologi och sekvenseringstekniker.

Som projektassistent kommer du att ansvara för DNA-extraktion, bibliotekspreparering och sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi. Du kommer att analysera metagenomiska data och utveckla pipelines för att identifiera mikrobiella samhällen, antibiotikaresistensgener och eCIS-kluster. Tjänsten innebär nära samarbete med forskare inom avloppsvattenforskning, mikrobiomstudier och bioinformatik.

Krav för anställningen är:

• Mastersexamen inom bioinformatik, mikrobiologi, bioteknik eller relaterat område.
• Erfarenhet av sekvenseringsdataanalys och bioinformatikverktyg (t.ex. Kraken2, Prokka, BLAST).
• Erfarenhet av att arbeta med Python, R och Unix-baserade system.
• Förmåga att självständigt driva forskning och analysera stora datamängder.
• God kommunikationsförmåga och vana att samarbeta i tvärvetenskapliga team.

Meriterande för anställningen är:

• Erfarenhet av Oxford Nanopore-sekvensering och bibliotekspreparering.
• Kunskap om maskininlärning för metagenomisk dataanalys.
• Erfarenhet av att skriva vetenskapliga publikationer och ansökningar.
• Tidigare arbete med antibiotikaresistensforskning.

Övrigt 

Anställningen är en särskild visstidsanställning på 100% under ett år.

Önskat startdatum är 2025-06-01 eller enligt överenskommelse. 

Så här söker du

• Personligt brev, där du beskriver din motivation och hur din erfarenhet matchar tjänsten.
• CV, inklusive publikationslista.
• Examensbevis och relevanta certifikat.
• Kontaktuppgifter till minst två referenser.