Doktorand i immunteknologi med inriktning datadriven precisionsmedicin och diagnostik 

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/ .

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Till Lunds universitet, Institutionen för Immunteknologi söker vi en doktorand inom datadriven precisionsmedicin och diagnostik.

Datadriven precisionsmedicin och diagnostik omfattar dataintegration, analys, visualisering och datatolkning för patientstratifiering, upptäckt av biomarkörer för sjukdomsrisker, diagnos, läkemedelsrespons och övervakning av hälsa. Forskning inom precisionsmedicin förväntas använda befintliga starka tillgångar i Sverige och utomlands, såsom molekylära data (t.ex. omics), avbildningstekniker, elektroniska hälso- och sjukvårdsdata, longitudinella patient- och befolkningsregister och biobanker.

Beskrivning av din arbetsplats

Institutionen för Immunteknologi bedriver forskning inom livsvetenskaperna såsom immunologi, onkologi, och hyperkänslighet/allergi. De moderna lokalerna är belägna på Medicon Village där akademisk forskning bedrivs sida vid sida med privata företag och aktörer från sjukvårdssektorn. En rad viktiga infrastrukturer finns tillgängliga här, bland annat speciallaboratorier för spatial omik, masspektrometri, flödescytometri och antikroppsframställning, samt NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden). Tillämpningen av avancerade tekniker för att lösa komplexa biomedicinska utmaningar har bidragit till att institutionen ligger i framkant i flera forskningsområden och ett flertal spin-off bolag är också verksamma på Medicon Village. Du kommer vara del av en forskningsgrupp som är dedikerad till utveckling av verktyg för precisionsmedicin inom onkologi, vilket bygger på translationell forskning på molekylära och cellulära processer i cancer.

Arbetsuppgifter

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna ingår det även medverkan i undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20 % av arbetstiden.

Ditt forskningsfokus kommer att vara maskininlärning för precisionsmedicin inom onkologi. Du kommer att utveckla tolkningsbara djupinlärningsmodeller av tumörmikromiljöer från vävnadsbilder och data från spatial omik. Projektet syftar till att ta fram implementerbara verktyg för prognos och klassificering av tumörer. Projektet kommer även att bidra med fördjupad förståelse av immunrespons i olika tumörer och i förlängningen nya behandlingsstrategier.  

Arbetsuppgifterna inkluderar

• Driva forskningsprojekt som innefattar analys av vävnadsbilder från multiplex immunfluorescens samt spatial proteomik och transkriptomikdata
• Driva utveckling av djupinlärningsverktyg för prediktion av molekylära mönster samt sjukdomsutfall
• Vara delaktig i samarbeten för att utveckla nya tvärvetenskapliga studier inom projektet
• Vara delaktig i undervisning genom handledning av kursstudenter i projekt och laborationer

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har

• avlagt examen på avancerad nivå eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Kraven på särskild behörighet för Immunteknologi uppfyller den som har:

• minst 240 högskolepoäng med relevans för ämnesområdet, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, inklusive ett fördjupningsarbete om minst 30 högskolepoäng på avancerad nivå med relevans för ämnesområdet eller motsvarande, eller
• civilingenjörsexamen eller annan examen på motsvarande nivå med relevans för ämnesområdet

Övriga krav:

• Mycket goda kunskaper i engelska, i tal och skrift
• God kommunikativ förmåga
• God analytisk förmåga
• Dokumenterad praktisk erfarenhet av bioinformatik, programmering och maskininlärning

 Bedömningsgrunder

Urval till utbildning på forskarnivå sker efter bedömd förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Bedömningen av förmågan sker främst utifrån studieresultaten på grundnivå och avancerad nivå. Följande beaktas:

1. Kunskaper och färdigheter relevanta för avhandlingsarbetet och utbildningsämnet.
2. Bedömd förmåga till självständigt arbete och förmåga att formulera och angripa vetenskapliga problem.
3. Förmåga till skriftlig och muntlig kommunikation.
4. Övriga erfarenheter relevanta för utbildningen på forskarnivå, t ex yrkeserfarenhet.

Övriga meriter:

• Praktisk erfarenhet av analys av vävnadsbilder
• Praktisk erfarenhet av djupinlärning och datorseende
• Praktisk erfarenhet av analys av spatial proteomik och/eller transkriptomikdata
• Praktisk erfarenhet av att jobba i Python och/eller R, samt Git
• Praktisk erfarenhet av att jobba i beräkningsklustermiljö
• Kunskap inom tumör- och immunmarkörer

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension.
Läs mer på universitets webbplats om att Jobba hos oss.

Övrigt

Endast den som är antagen till forskarutbildning får anställas som doktorand. Forskarutbildningen är fyra år vid heltidsstudier. Vid undervisning och annat institutionsarbete förlängs anställningen i motsvarande grad, dock längst till 5 år (dvs. max 20 %). Bestämmelser gällande anställning som doktorand finns i Högskoleförordningen (1993:100), 5 kap 1-7 §§.

Så här söker du

Ansökan ska skrivas på engelska. Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt forskningsprojektet matchar dina intressen och din utbildningsbakgrund. Ansökan ska även innehålla CV, examensbevis eller motsvarande samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.).

Välkommen med din ansökan!