Forskare i växters epigenetik

Beskrivning av ämnet

Växter har en fantastisk förmåga att reagera på miljöutmaningar genom intracellulär reglering av sina funktioner. Medan mycket fokus har legat på rollerna hos gener som kodar för proteiner, är växtgenomerna enorma och innehåller till stor del icke-kodande DNA med oklara funktionella roller för cellerna. Vår tidigare forskning har visat hur växternas icke-kodande genom bidrar till cellulära motståndskraftsmekanismer genom produktion av icke-kodande RNA-molekyler eller genom kromatinsignaturer som korrelerar med ncRNA-produktion.

Vi söker en forskare som är entusiastisk över mekanistisk växtmolekylärbiologi inom detta område. Specifikt för att ta itu med frågan om hur kromatinsignaturer kopplade till ncRNA-produktion kan hämma geninduktion (DOI: 10.1016/j.tplants.2020.03.005 , DOI: 10.1371/journal.pgen.1007969). Som utgångspunkt har vi mutanter som stör denna mekanism för vidare forskning. Dessutom är en viktig aspekt av detta projekt metoder för ”Epigenome Engineering”. Dessa bygger på riktad rekrytering av histonmodifierande enzymer till platser där genrepression genom kromatinsignalering av icke-kodande fungerar.

Här kommer vi att använda NGS-kromatinmetoder (t.ex. ChIP-seq, CUT&Tag, CUT&Run) för att analysera genomomfattande såväl som riktade effekter av lokusspecifik epigenomteknik. En stark kunskap om kromatinbiologi, på bänken såväl som på datorn för dataanalys av Next-Generation Sequencing, kommer att vara till stor hjälp för projektets slutförande. Forskningsaktiviteterna i laboratoriet inkluderar också RNA-biologi, denna position fokuserar på forskningsområdet växtepigenetik (inklusive epigenomisk dataanalys). Targeted Epigenome Engineering är ett relativt nytt forskningsområde, så utbildning inom detta område lovar framtida möjligheter. Internationella forskningsbesök på samarbetande laboratorier är en möjlighet för att stärka forskarens internationella nätverk.  Det kommer att finnas en blandning av deltaganden: 1.) i pågående aktiviteter där slutförandet är relativt nära, och 2.) i initiativ med stor frihet att driva utvecklingen självständigt.

Krav för anställningen

Detaljerad beskrivning av arbetsuppgifterna:

• Forskning inom växtepigenetik
• Undervisning på grund-, avancerad och forskarutbildningsnivå
• Handledning av examensarbeten och doktorander
• Aktivt söka extern forskningsfinansiering
• Samarbete med näringslivet och samhället i övrigt
• Administration relaterad till de arbetsuppgifter som anges ovan

Kvalifikationskrav

Sökande måste ha:

• En doktorsexamen eller motsvarande forskningsmeriter inom ämnet för anställningen
• Utmärkt förmåga att utveckla och bedriva nyfikenhetsdriven forskning av hög kvalitet
• Dokumenterad skicklighet i Next-Generation sekvenseringsanalyser
• Dokumenterad erfarenhet av analys av Next-Generation Sequencing-data, till exempel med hjälp av högpresterande databehandling, R och python
• Stark bakgrund inom molekylär växtbiologi, särskilt epigenetik
• Starkt engagemang för grundläggande växtbiologisk forskning
• Mycket god muntlig och skriftlig färdighet i engelska

Bedömningskriterier och andra kvalifikationer

Detta är en karriärutvecklingstjänst som främst är inriktad på forskning.

Särskild vikt kommer att läggas vid forskningsfärdigheter inom ämnet.

Vid tillsättning av denna forskaranställning ska följande kriterier utgöra bedömningsgrunder:

• Utmärkt förmåga att utveckla och bedriva forskning av hög kvalitet
• Färdighet i dataanalys av Next-Generation Sequencing
• Förmåga att hantera och hantera stora datamängder
• Pedagogisk skicklighet

Ytterligare bedömningskriterier:

• Intresse och passion för det beskrivna forskningsprojektet inom växtepigenetik
• Kunskap om metoder för epigenomteknik
• Självmotivation
• Uthållighet
• Resultatinriktning med målet att slutföra projekt för publicering

Hänsyn kommer också att tas till god samarbetsförmåga, driv och självständighet samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms komplettera och stärka pågående forskning inom institutionen samt bidra till dess framtida utveckling.

Villkor mm

Detta är en visstidsanställning på heltid i högst 1 år. Start så snart som möjligt.

Kontaktperson: Sebastian Marquardt (andreas_sebastian.marquardt@biol.lu.se).

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska skrivas på engelska och innehålla:

• Meritförteckning/CV inklusive publikationslista
• En generell beskrivning av tidigare forskningsarbete och framtida forskningsintressen (max tre sidor)
• Kontaktuppgifter till minst två referenser
• Kopia av examensbevis för doktorsexamen samt ev. andra intyg/betyg som du önskar åberopa