Doktorand vid avdelningen för infektionsmedicin - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Beskrivning av arbetsplatsen
Forskargruppen ”Integrative Medicine Proteomics” (IMP) utvecklar och använder proteomik för att kartlägga det inflammatoriska svaret i sepsis samt för att studera hur cirkulerande antikroppar utvecklas efter en infektion eller efter vaccinering. Forskargruppen har nära samarbete med BioMS, en nationell forskningsinfrastruktur inom biologisk masspektrometri, och har tillgång till ett flertal moderna masspektrometrar som Oribitraps och TiMS-TOFs. IMP är en tvärvetenskaplig forskargrupp med seniora forskare, postdoktorer och doktorander med kompetens inom klinisk medicin, djurmodeller, cellbiologi, proteomik och bioinformatik.

Som arbetsplats värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med
varandra.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid.
Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet, Jobba hos oss.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden
Forskningsfrågan i detta doktorandprojekt är att utveckla en robust metod för att välja optimala epitoper från ytproteomet. Arbetsuppgifterna inkluderar att beräkna den relativa frekvensen med vilken varje potentiellt antigen finns på cellytan (t.ex. alla genomsekvenserade stammar för en bakterieart eller ett bakteriesläkte) och att skapa ett tertiärt strukturkompendium av representativa antigener med hjälp av Alphafold2. Data från dessa tre steg kommer att kombineras för att rangordna antigenerna efter deras lämplighet. De optimala epitoperna kommer också att identifieras. I steg två är målet att använda Protein Design för att skapa nanopartikelvacciner.

Kvalifikationer
Krav för anställningen är:
- Civilingenjör i statistik, matematik, biologi, bioteknik eller liknande
- Goda kunskaper eller erfarenhet av Python-programmering
- Goda kunskaper eller erfarenhet av Linux systemadministration (Ubuntu)
- Databaserfarenhet, gärna postgresql
- Tidigare erfarenhet inom mikrobiologi
- Kunskaper inom masspektrometribaserad proteomik och strukturbiologi

- Att du är detaljorienterad och självständig
- Att du har god kommunikationsförmåga i tal och skrift
- Att du har god förmåga att genomföra vetenskapliga samarbeten

Meriterande för anställningen är:
- Erfarenhet av C++
- Erfarenhet av storskaliga datorsystem ("cloud computing")
- Erfarenhet av Python, Pandas och Numpy
- Erfarenhet av beräkningsbiologi och proteomik

Övrigt
Anställningen är tidsbegränsad på heltid under fyra år enligt HF 5 kap 7§.
Önskat startdatum är den 1 september 2022 (eller enligt överenskommelse).

Behörighet
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund
Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor
Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.

Såhär söker du
Anställningen söks via universitetets rekryteringssystem. Ansökan ska innehålla ett personligt brev där du beskriver hur du uppfyller kvalifikationskraven samt varför du är intresserad av anställningen. Ansökan ska även innehålla CV samt övrigt som du önskar åberopa (kopior av
examensbevis, betyg, uppgifter till referenser, rekommendationsbrev etc.)